Koleksi Antiquariat adalah koleksi yang memiliki umur lebih dari 50 tahun, mempunyai nilai sejarah yang berhubungan dengan ilmu pengetahuan dan perkembangan budaya bangsa. Pustaka memiliki koleksi Antiquariat yang tertua, yang terbit pada tahun 1615. Koleksi-koleksi tersebut tersimpan di ruang khusus yang disebut antiquariat. Jumlah koleksi yang ada di PUSTAKA dan sudah terdata sampai dengan saat ini ini seluruhnya berjumlah 6.715 eksemplar. Jumlah tersebut belum termasuk calon koleksi antiquariat yang penyimpanan masih tergabung dengan koleksi buku.
Koleksi tua ini merupakan asset negara yang harus dipertanggung jawabkan keberadaannya, dipelihara dan dimanfaatkan untuk kepentingan masyarakat luas. Namun karena berbagai kondisi yang disebabkan oleh iklim, hama maupun manusia dari waktu ke waktu akan menyebabkan timbulnya kerusakan pada koleksi, maka diperlukan upaya preservasi dan konservasi yang lebih baik lagi di masa mendatang.
Berikut contoh beberapa judul koleksi Antiquariat yang dimiliki Pustaka :
- De indiae utriusque renaturali et medica (Tanaman obat-India Timur- P. Jawa ). Pengarang buku ini: Gedani : N.V. De Deli Courant, ditulis dalam dalam Bahasa Belanda, terbit pada tahun 1658. Buku ini berisi empat belas tulisan yang terdiri atas 6 tulisan oleh Posinus Gulielmi tentang tanaman obat di India Timur, 2 tulisan oleh Georgii Margravii tentang ilmu pengetahuan alam di Brasilia dan 6 tulisan oleh Lacobi Bontii tentang ilmu pengetahuan alam dan tanaman obat di Pulau Jawa.
- Rariorum plantarum horti medici Amstelodamensis, descriptio & icones/ Commelino, Joanne (Tumbuhan langka-Amsterdam). Pengarang buku: Amstelodami : C.G. van der Post, ditulis dalam bahasa Bahasa Latin dan Belanda, terbit pada tahun 1697. Buku ini mendeskripsikan berbagai tumbuhan langka disertai gambar-gambar yang terdapat di Hindia Timur dan Barat serta tumbuhan yang ada di Kebun Botani Amsterdam